厦门大学附属第一医院杏林分院位于厦门杏林台商投资区，是一所按三级医院标准建设的集医疗、急救、预防、保健、科研、教学为一体的综合性医院，占地面积71.17亩，建筑面积17169平方米。现有编制床位401张，在职医务人员505人，其中注册医生158人，主任医师18人、副主任医师41人、主治医师49人，住院医师50人。现有肺科、感染性疾病科、神经外科、普外科、骨科、妇产科、内科、儿科、康复科、耳鼻喉头颈外科、麻醉手术室、急诊科、客户服务部（门诊）、放射科、检验科、功能检查科等临床及医技科室。
肺科和感染性疾病科第一医院的一级科室，肺科是2003年4月由原第二医院肺科（鼓浪屿肺科）成建制划归市第一医院并落户杏林分院的。感染性疾病科是2006年初新组建的感染性疾病防治专科。根据医院的总体部署，分院于2007年11月正式成立神经外科，并初步建成了以神经外科、普外科、骨科为主的创伤外科急救中心，使交通事故等所造成的颅脑损伤及其他创伤得到更加及时、有效的救治。其他临床医技科室建设方面，普外科、骨科、妇产科、内科、儿科、耳鼻喉头颈外科、放射科、检验科、药剂科等科室与总院的对应科室实行了一体化管理，医疗及辅助医疗水平得到有效提升。普外科和骨科可开展肝胆胰血管外科、普外科、骨科、创伤外科、胸外科、泌尿外科等专业手术和治疗；妇产科配有专门的检查室和治疗室、实验室和图书室，在门诊开展无痛人流、宫颈疾病筛查与治疗、输卵管通液及造影术等，并率先在我市开展出生缺陷监测、胎儿监护、新生儿复苏培训、无痛分娩等工作；内科以心内、神内、消化内科为重点，开展了心脏电生理检查、冠心病定位诊断、24小时动态心电图、24小时动态血压、光量子氧透射治疗及高压氧治疗等；儿科主要负责各类儿科疾病的诊治和儿科危重病人的抢救。分院拥有先进的医疗设备，并且和总院主要临床、医技科室实行了医疗资源共享，分院能够实施对各种危、急、重及疑难病症的诊断及抢救治疗。
分院按照应对公共卫生突发事件的要求，在一号楼设立呼吸、肠道及肝病等感染病防治科室，严格按照隔离要求设置专科门诊和病区，实行封闭式治疗与管理，确保分院其他科室及周边群众工作生活不受任何影响。该楼作为全市应对公共卫生突发事件的基地，在使用上采用平战结合的办法，即平时进行常见感染病防治，发生公共卫生突发事件后，立即转为应对公共卫生突发事件的战场。
